とりあえず、できあがりはこんな感じ。グレーの曲線がペンツールで描いた曲線です。

手順としては、まず下のスクリプトを適当なファイルに保存します。例えば「makeBezierTweenOption.jsfl」とかいうファイル名で。

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// Script for Tweener _bezier Option
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// sample output : { x:460, y:100, _bezier:[{x:250, y:200},{x:355, y:150}] }
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var edgeArray = fl.getDocumentDOM().selection[0].edges;

var tmp  = [];
var tmp2 = [];
for ( i=0; i<edgeArray.length; i++ )
	tmp.push( edgeArray[i] );

var e0 = tmp.shift();
tmp2.push( e0 );
joinX0 = e0.getControl(0).x;
joinY0 = e0.getControl(0).y;
joinX2 = e0.getControl(2).x;
joinY2 = e0.getControl(2).y;

while( tmp2.length<edgeArray.length )
{
	is_not_join = true;
	var min_value = -1;
	var min_pos   = -1;
	var min_index = -1;
	for( i=0; i<tmp.length; i++ )
	{
		var ed = tmp[i];
		var p0 = ed.getControl(0);
		var p2 = ed.getControl(2);
		if( p0.x==joinX2 && p0.y==joinY2 )
		{
			is_not_join = false;
			tmp2.push( ed );
			joinX2 = p2.x;
			joinY2 = p2.y;
			tmp.splice( i, 1 );
			i = 0;
		}
		else if( p2.x==joinX0 && p2.y==joinY0 )
		{
			is_not_join = false;
			tmp2.unshift( ed );
			joinX0 = p0.x;
			joinY0 = p0.y;
			tmp.splice( i, 1 );
			i = 0;
		}
		else
		{
			var min1 = (p0.x-joinX2)*(p0.x-joinX2) + (p0.y-joinY2)*(p0.y-joinY2);
			var min2 = (p2.x-joinX0)*(p2.x-joinX0) + (p2.y-joinY0)*(p2.y-joinY0);
			if( min_value<0 || min1<min_value || min2<min_value )
			{
				if( min1<min2 )
				{
					min_value = min1;
					min_pos   = 0;
				}
				else
				{
					min_value = min2;
					min_pos   = 2;
				}
				min_index = i;
			}
		}
	}
	//最近傍に連結
	if( is_not_join )
	{
		if( min_index>= 0 )
		{
			var ed = tmp[min_index];
			var p0 = ed.getControl(0);
			var p2 = ed.getControl(2);
			if( min_pos==0 )
			{
				tmp2.push( ed );
				joinX2 = p2.x;
				joinY2 = p2.y;
			}
			else
			{
				tmp2.unshift( ed );
				joinX0 = p0.x;
				joinY0 = p0.y;
			}
			tmp.splice( min_index, 1 );
		}
		else
		{
			break;
		}
	}
}

var lastpos = "";
var option = "_bezier:[";
for( i=0; i<tmp2.length; i++ )
{
	var ed = tmp2[i];
	var p1 = ed.getControl(1);
	
	option += "{x:" + p1.x + ",y:" + p1.y + "}";
    if( i==tmp2.length-1 )
    {
		var p2 = ed.getControl(2);
		lastpos = "x:" + p2.x + ", y:" + p2.y;
	}
	else
	{
		option += ",";
	}
}
option += "]";
fl.trace( "{" + lastpos + ", " + option + "}" );

で、Flash上でトゥイーンさせたい曲線(上のSWFだとグレーのライン)を選択し、メニューの「コマンド→コマンドの実行」か何かで「makeBezierTweenOption.jsfl」を走らせます。うまくいけばこんな感じで出力されます。
※あんまりきちんとつくってないんでバグっても気にせずに。

{x:385, y:207, _bezier:[{x:58.05,y:61.4},{x:145.9,y:80.65},{x:246.7,y:167.05},{x:345.55,y:209.3}]}

これをTweener.addTweenのオプションで使うわけです。

Tweener.addTween( targetObj, {x:385, y:207, _bezier:[{x:58.05,y:61.4},{x:145.9,y:80.65},{x:246.7,y:167.05},{x:345.55,y:209.3}], time:2, transition:"linear"} );

実際には、Tweenerの_bezierは、ベジェ曲線の始点、制御点、終点の内、制御点の配列で指定し、各曲線の分割点は制御点間の中点を使っているので、描いた曲線と同じ軌跡をたどらないのです。そのことを念頭におけば大抵問題ないのかなぁと思ったりします。